Висш орган на университета е Общото събрание. То се състои от 95 членове: 67 хабилитирани и 5 нехабилитирани преподаватели, 16 студенти и докторанти и 7 служители. Общото събрание избира с тайно гласуване академичния съвет и ректора на университета. То приема, допълва и променя Правилника за дейността на университета.

Академичният съвет определя и ръководи цялостната образователна, научна и кадрова политика на университета. Той взема решения, засягащи структурата на университета, учебната натовареност, утвърждава специалностите, формите и степените за обучение на студенти, приема правила за учебни и научни дейности. Състои се от 35 членове - хабилитирани преподаватели, нехабилитирани преподаватели, студенти, докторанти, представители на административния персонал.

Ректорът ръководи заседанията на академичния съвет и отговаря за цялостната дейност на университета. Ректорът се подпомага от четири заместник-ректори и един помощник-ректор.

Орган за вътрешен контрол върху дейността на Икономически университет – Варна е Контролният съвет. Той се състои от председател, зам.-председател и членове, които са хабилитирани лица, и представители на Студентски съвет. Контролният съвет проверява законосъобразността на изборите на ръководни органи на висшето училище и неговите основни звена, изготвя становище по проекта за бюджет на Икономически университет – Варна и следи за изпълнението му.

Съветът на настоятелите подпомага ИУ – Варна за осъществяване на ефективно и прозрачно управление и за предоставяне на качествено образование и обучение. Състои се от 7 членове: дарители на ИУ – Варна, личности с активна обществена позиция, представители на работодатели, на съсловни, браншови и професионални организации; представители на Студентски съвет и на министъра на образованието и науката.

Отношение към дейността на органите за управление има и Студентски съвет. Неговият статут и дейност, регламентирани със Закона за висшето образование, са свързани със защитата на интересите на студентите. В Студентски съвет се включват представители на студентите от всички специалности и представител на докторантите. Негови членове участват в ръководните органи на университета.